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Nacque ad Amsterdam il 24 novembre 1632. La famiglia apparteneva agli ebrei portoghesi fuggiti dall'Inquisizione e rifugiatisi nei Paesi Bassi; il padre, Michael, era mercante. La madre, Hanna Debora, morì prima che lui compisse sei anni. Nella scuola Talmud Torah della comunità studiò l'ebraico e i testi religiosi e da ragazzo lavorò nel commercio paterno.
Alla morte del padre, nel 1654, lasciò gli affari; nella scuola di latino dell'ex gesuita Franciscus van den Enden conobbe Descartes, la nuova scienza della natura e gli ambienti eterodossi di Amsterdam. Le sue idee inquietarono la comunità: il 27 luglio 1656, a soli ventitré anni, fu colpito dalla scomunica più dura che la comunità portoghese di Amsterdam avesse mai pronunciato. Prese il nome di Benedictus; I principi della filosofia di Cartesio, usciti nel 1663, restarono l'unico libro pubblicato in vita con il suo nome.
Si stabilì a Rijnsburg, presso Leida, poi a Voorburg e infine all'Aia. Si manteneva molando lenti per microscopi e cannocchiali e su quel mestiere corrispose con gli ottici del tempo, tra cui Christiaan Huygens. Nel 1670 pubblicò senza firma il Trattato teologico-politico; nel 1674 il libro fu proibito. Nel 1673 rifiutò la cattedra offertagli a Heidelberg, ritenendo che avrebbe limitato la sua libertà di pensiero.
Costruì l'Etica su definizioni, assiomi e proposizioni, nell'ordine di un libro di geometria, e trattò le passioni non con il rimprovero morale ma con la freddezza che si riserva ai fenomeni naturali. Non osò pubblicarla da vivo. Morì all'Aia il 21 febbraio 1677, a quarantaquattro anni, per una malattia polmonare aggravata da anni di polvere di vetro respirata. Gli amici stamparono i manoscritti in segreto quello stesso anno: i suoi libri raggiunsero i lettori solo dopo la sua morte.
Scrisse negli anni in cui la Repubblica delle Province Unite si arricchiva con i commerci e passava per il paese più tollerante d'Europa, mentre i predicatori calvinisti ne restringevano di continuo i limiti. Il razionalismo di Cartesio aveva diviso le università e la comunità ebraica portoghese di Amsterdam vigilava sui propri confini. Il conflitto tra il governo repubblicano dei fratelli de Witt e gli orangisti finì nel sangue nel 1672. In quel clima Spinoza difese la lettura storica della Scrittura e la libertà di pensiero.