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Nasceu em Amesterdão a 24 de novembro de 1632. A família pertencia aos judeus portugueses que tinham fugido da Inquisição para os Países Baixos; o pai, Michael, era comerciante. A mãe, Hanna Debora, morreu antes de ele fazer seis anos. Na escola Talmud Torá da comunidade aprendeu hebraico e os textos religiosos e, ainda rapaz, trabalhou no negócio do pai.
Depois da morte do pai, em 1654, abandonou o comércio; na escola de latim de Franciscus van den Enden, antigo jesuíta, conheceu Descartes, a nova ciência da natureza e os círculos heterodoxos de Amesterdão. As suas ideias inquietaram a comunidade: a 27 de julho de 1656, com apenas vinte e três anos, foi expulso pelo herem mais severo que a comunidade portuguesa de Amesterdão alguma vez pronunciara. Passou a chamar-se Benedictus; os Princípios da Filosofia de Descartes, saídos em 1663, foram o único livro publicado em vida com o seu nome.
Instalou-se em Rijnsburg, perto de Leiden, depois em Voorburg e por fim em Haia. Ganhava a vida a polir lentes para microscópios e telescópios e, sobre esse ofício, trocou cartas com os ópticos do seu tempo, entre eles Christiaan Huygens. Em 1670 publicou sem assinatura o Tratado Teológico-Político; o livro foi proibido em 1674. Em 1673 recusou a cátedra que lhe ofereciam em Heidelberga, por entender que limitaria a sua liberdade de pensar.
Construiu a Ética com definições, axiomas e proposições, à maneira de um livro de geometria, e tratou as paixões sem censura moral, com a frieza que se concede aos fenómenos naturais. Não ousou publicá-la em vida. Morreu em Haia a 21 de fevereiro de 1677, aos quarenta e quatro anos, de uma doença pulmonar agravada por anos de pó de vidro respirado. Os amigos imprimiram os manuscritos em segredo nesse mesmo ano: os seus livros só chegaram aos leitores depois de ele morrer.
Escreveu nos anos em que a República dos Países Baixos enriquecia com o comércio e passava pelo país mais tolerante da Europa, embora os pregadores calvinistas apertassem sem cessar os limites dessa tolerância. O racionalismo de Descartes dividira as universidades e a comunidade judaica portuguesa de Amesterdão guardava as suas próprias fronteiras. A disputa entre o governo republicano dos irmãos De Witt e os orangistas acabou em sangue em 1672. Nesse ambiente, Spinoza defendeu a leitura histórica da Escritura e a liberdade de pensamento.
