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1632年11月24日生于阿姆斯特丹。他的家族属于为躲避宗教裁判所而逃入尼德兰的葡萄牙犹太人,父亲米迦勒是商人。母亲汉娜·黛博拉在他不满六岁时去世。他在社群的塔木德托拉学校里学习希伯来文与宗教典籍,少年时便在父亲的商行做事。
1654年父亲去世后,他放下生意,进入前耶稣会士弗兰西斯库斯·范登恩登的拉丁语学校,由此结识笛卡尔的著作、新兴的自然科学,以及阿姆斯特丹那些离经叛道的圈子。他的看法令社群不安:1656年7月27日,年仅二十三岁的他被逐出教门,那是阿姆斯特丹葡萄牙社群此前所下最严厉的一道禁令。他改名贝内迪克图斯;1663年问世的《笛卡尔哲学原理》,是他生前唯一以本名出版的书。
他先住在莱顿附近的赖恩斯堡,后迁沃尔堡,最终定居海牙。他靠磨制显微镜与望远镜的镜片谋生,并就这门手艺与当时的光学家通信,其中包括克里斯蒂安·惠更斯。1670年,他隐去姓名出版《神学政治论》,此书于1674年被查禁。1673年,海德堡向他发出教授之聘,他以有碍思想自由为由婉拒。
《伦理学》按几何书的次序,由定义、公理与命题层层建起;他谈论情感时不加道德指责,而以对待自然现象的冷静去处理。生前他终究不敢付印。1677年2月21日,他在海牙去世,年四十四,死于肺病——多年吸入的玻璃粉尘加重了病情。同年,朋友们秘密刊印了他的手稿;他的书要等到他离世之后,才与读者相见。
他写作的年代,荷兰共和国因贸易而富庶,被视为欧洲最宽容的国度,而加尔文派传道人却不断收紧这份宽容的边界。笛卡尔的理性主义分裂了大学,阿姆斯特丹的葡萄牙犹太社群则竭力守住自己的界限。德维特兄弟的共和政权与奥兰治派之争,在1672年以流血告终。正是在这样的处境里,斯宾诺莎主张把《圣经》当作历史文本来读,并为思想自由辩护。