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Nació en Ámsterdam el 24 de noviembre de 1632. Su familia pertenecía a los judíos portugueses que habían huido de la Inquisición para refugiarse en los Países Bajos; su padre, Michael, era comerciante. Su madre, Hanna Debora, murió antes de que él cumpliera seis años. En la escuela Talmud Torá de la comunidad estudió hebreo y los textos religiosos, y de muchacho trabajó en el negocio paterno.
Tras la muerte de su padre, en 1654, dejó el comercio; en la escuela latina de Franciscus van den Enden, antiguo jesuita, conoció a Descartes, la nueva ciencia natural y los círculos heterodoxos de Ámsterdam. Sus ideas inquietaron a la comunidad: el 27 de julio de 1656, con solo veintitrés años, fue expulsado con el anatema más duro que la comunidad portuguesa de Ámsterdam hubiera pronunciado nunca. Adoptó el nombre de Benedictus; los Principios de la filosofía de Descartes, publicados en 1663, fueron el único libro aparecido en vida con su propio nombre.
Se instaló en Rijnsburg, cerca de Leiden, luego en Voorburg y por fin en La Haya. Se ganaba la vida puliendo lentes para microscopios y telescopios, y sobre ese oficio se carteó con los ópticos de su tiempo, entre ellos Christiaan Huygens. En 1670 publicó sin firma el Tratado teológico-político; el libro fue prohibido en 1674. En 1673 rechazó la cátedra que le ofrecían en Heidelberg, por considerar que restringiría su libertad de pensamiento.
Construyó la Ética con definiciones, axiomas y proposiciones, al modo de un libro de geometría, y trató las pasiones sin reproche moral, con la calma que se concede a los fenómenos naturales. No se atrevió a publicarla en vida. Murió en La Haya el 21 de febrero de 1677, a los cuarenta y cuatro años, de una enfermedad pulmonar agravada por años de respirar polvo de vidrio. Sus amigos imprimieron sus manuscritos en secreto ese mismo año: sus libros llegaron a los lectores solo después de su muerte.
Escribió en los años en que la República holandesa se enriquecía con el comercio y pasaba por el país más tolerante de Europa, mientras los predicadores calvinistas estrechaban sin descanso los límites de esa tolerancia. El racionalismo de Descartes había dividido las universidades y la comunidad judía portuguesa de Ámsterdam vigilaba sus propias fronteras. La pugna entre el gobierno republicano de los hermanos De Witt y los orangistas terminó en sangre en 1672. En ese clima, Spinoza defendió la lectura histórica de la Escritura y la libertad de pensamiento.