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Il naît à Amsterdam le 24 novembre 1632. Sa famille appartient à ces juifs portugais qui ont fui l'Inquisition pour se réfugier aux Provinces-Unies ; son père, Michael, est marchand. Sa mère, Hanna Debora, meurt avant qu'il ait six ans. À l'école Talmud Torah de la communauté, il apprend l'hébreu et les textes religieux, puis travaille tout jeune dans le commerce paternel.
À la mort de son père, en 1654, il abandonne le négoce ; à l'école latine de Franciscus van den Enden, ancien jésuite, il découvre Descartes, la science nouvelle et les cercles hétérodoxes d'Amsterdam. Ses idées inquiètent la communauté : le 27 juillet 1656, à vingt-trois ans seulement, il est frappé du bannissement le plus sévère que la communauté portugaise d'Amsterdam eût jamais prononcé. Il prend le nom de Benedictus ; les Principes de la philosophie de Descartes, parus en 1663, resteront le seul livre publié sous son nom de son vivant.
Il s'installe à Rijnsburg, près de Leyde, puis à Voorburg et enfin à La Haye. Il vit du polissage de lentilles pour microscopes et lunettes, et correspond à ce sujet avec les opticiens de son temps, parmi lesquels Christiaan Huygens. En 1670, il publie sans le signer le Traité théologico-politique ; l'ouvrage est interdit en 1674. En 1673, il décline la chaire qu'on lui offre à Heidelberg, jugeant qu'elle limiterait sa liberté de penser.
Il bâtit l'Éthique sur des définitions, des axiomes et des propositions, dans l'ordre d'un traité de géométrie, et traite les passions non par le reproche moral mais avec le sang-froid qu'on accorde aux phénomènes naturels. Il n'ose pas la publier de son vivant. Il meurt à La Haye le 21 février 1677, à quarante-quatre ans, d'une maladie pulmonaire aggravée par des années de poussière de verre respirée. Ses amis impriment ses manuscrits en secret la même année : ses livres n'atteignent les lecteurs qu'après sa mort.
Il écrit dans les années où la République des Provinces-Unies s'enrichit par le commerce et passe pour le pays le plus tolérant d'Europe, tandis que les prédicateurs calvinistes en resserrent sans cesse les limites. Le rationalisme de Descartes divise les universités et la communauté juive portugaise d'Amsterdam veille sur ses propres frontières. La rivalité entre le gouvernement républicain des frères de Witt et les orangistes s'achève dans le sang en 1672. Dans ce climat, Spinoza défend la lecture historique de l'Écriture et la liberté de pensée.
